人防工程通風系統的運行方式分為平時和戰時兩種。平時通風主要滿足平時使用或維護的要求。戰時有三種通風方式。戰時通風方式的轉換主要取決于工程外空氣是否受到污染以及污染程度。轉換順序為清洗隔離病毒過濾清洗（清洗后）。
　　讓我們看一下以下內容清潔通風。這種方式很容易理解，即當項目外的空氣不受有毒有害物質污染時，系統的運行方式；濾毒通風，所謂濾毒通風。當項目外的空氣受到有毒有害物質污染時，進入項目的空氣經過凈化、過濾后，再分配到項目內，用過的空氣通過超壓排氣系統排出。當出現下列任一情況時，工程將轉入病毒過濾通風：
　　當急需人員進出工程時，需要形成的超壓值；當毒物沿縫隙進入項目時，會威脅到項目人員的；經過時間的隔離，空氣中的二氧化碳濃度上升到規定的標準，使人員難以維持。
　　隔離通風。所謂隔離通風是指在工程隔離保護中，通風系統實現內循環通風的運行方式。隔離防護是利用工程本身的防護能力和氣密性，防止有毒有害物質污染空氣進入工程的人防工程防護方法。有下列情形之一的，移交隔離保護：當敵人對現場或攻擊初期進行報警時；當項目外發生大面積火災時當外界空氣中毒時，當過濾器失效時，當通風孔堵塞，通風設備損壞時。